Fue electo Jefe de Estado por cuatro años por la Asamblea Constituyente reunida en Cedros, y como Vicejefe, José Justo Milla. Nombro a Francisco Morazán Secretario General . Juró la Constitución Federal. Dividió el territorio hondureño en 7 departamentos.
Creó la primera Corte Suprema de Justicia y el primer Escudo de Armas. Promulgó la primera Constitución Política del Estado de Honduras.
Chocó con el Presidente Federal Manuel José Arce por haber éste aceptado ilegalmente la renuncia del Vicejefe Justo Milla y convocado a una nueva elección de Jefe de Honduras. Arce, y el Vicario José Nicolas Irias, de Comayagua, conspiraron en contra de Herrera y del último llegó hasta excomulgarlo y trató de asesinarlo. Justo Milla, con el apoyo de Arce, invadió a Honduras desde Guatemala, y sitió y prendió fuego a Comayagua.
El traidor español Antonio Fernández, Comandante de la Plaza, capituló, y el Jefe Herrera fue apresado y conducido a Guatemala.
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